Annak érdekében, hogy a kérelem a megfelelő, illetékességgel és hatáskörrel rendelkező hatósághoz kerüljön benyújtásra, nem a kérelmezőnek kell kiválasztania a hatóságot, hanem az ÉTDR automatikusan felajánlja azt, az építés helye és az engedély típusa szerint. A tévedés lehetősége azonban fennáll abban az esetben, ha a kérelmező nem jól választja ki az eljárás típusát, vagy tévedésből került benyújtásra a kérelem.

Nem jó helyre benyújtott kérelem esetében, több lehetőség is van attól függően, hogy a hatóság, vagy a kérelmező veszi ezt észre.

1. Ha a hatóság megállapítja, hogy nem ő az illetékes szerv, akkor azt a hatályos jogszabályok alapján átteszi ahhoz a hatósághoz, aki eljárni köteles az ügyben. Ha ÉTDR-t használó építésügyi vagy építésfelügyeleti hatóságról van szó, akkor ezt az ÉTDR „Áttétel” funkciójával meg tudja tenni.
2. Ha a kérelmező/benyújtó állapítja meg, hogy nem ahhoz a hatósághoz nyújtotta be a kérelmet, amelyhez kellett volna, akkor a „Kérelem visszavonása” funkcióval korrigálni tudja az elkövetett hibát. A kérelem visszavonásáról azonban tudni kell, hogy azzal nem lesz automatikusan megszüntetve az eljárás, hanem a hatóság ezen új információ birtokában a hatályos jogszabályok alapján döntést hoz az ügy további sorsáról (megszünteti az eljárást, átteszi, stb.). A kérelem visszavonásakor csatolni kell egy levelet (PDF/A formátumban), amiből kiderül, hogy mi a kérelmező szándéka, elvárása (tájékoztatás, szüntessék meg az eljárást, stb.).

Mindkét esetben szükséges tudni, hogy egy ÉTDR azonosító alatt csak egy eljárás folytatható le (míg a szakhatósági és egyéb szervi eljárások száma nem korlátozott). Azaz, ha a hibásan benyújtott kérelem építésügyi (építésfelügyeleti) hatósági eljárás lefolytatására irányult, akkor annak megszüntetése esetén csak új tárhely létrehozásával lehet ismételten benyújtani a kérelmet, immár a megfelelő helyre. Szakhatósági, tervtanácsi, településképi véleményezési eljárásban azonos tárhelyből újabb és újabb megkeresést is lehet indítani (függetlenül attól, hogy előző megkeresésekre a kérelmező kapott-e már választ).